Das Ziel von Flappy Dunk besteht darin, einen Basketball durch Klicken in der Luft zu halten, den Kontakt mit der Decke oder dem Boden zu vermeiden und sicherzustellen, dass der Ball durch die zahlreichen Körbe läuft. Ziel ist es, Punkte zu erzielen, indem man den Ball erfolgreich durch die Körbe bringt, wobei ein Fehlschuss das Ende des Spiels zur Folge hat.